version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G68520

Summary of Gene (AT1G68520)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G68520  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G68520  
Description zinc finger (B-box type) family protein; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, B-box (InterPro:IPR000315); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (B-box type) family protein (TAIR:AT1G25440.1); Has 2123 Blast hits to 1331 proteins in 91 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7; Fungi - 4; Plants - 2036; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25714999-25713800)

Genome position     
from initiation codon
AT1G68530.1         
AT1G68530.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G68520                        5'->3' (-)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G68520

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG2-25710967-218
TSS peakG13-25710856-107

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-25710879-130
TSS cloneCclone-25710878-129
TSS cloneGclone-25710856-107
TSS cloneTclone-25710855-106

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTTT-2571088825710896-139-147
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACGACA-2571115825711166-409-417
 AtREG520AAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA82-25714804AT1G68530.1, AT1G68530.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-25714807AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneTclone-25714806AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneAclone-25714804AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneAclone-25714803AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneCclone-25714800AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneTclone-25714798AT1G68530.1, AT1G68530.2
TSS cloneAclone-25714747AT1G68530.1, AT1G68530.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTTTATAT-2571483325714841AT1G68530.1, AT1G68530.2
Y PatchCTTCCCTCTCTCAT-2571481225714825AT1G68530.1, AT1G68530.2
Y PatchCTTCCTCT-2571484725714854AT1G68530.1, AT1G68530.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGTCATTT-2571494125714948AT1G68530.1, AT1G68530.2
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.