version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G68530

Summary of Gene (AT1G68530)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G68530  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G68530  
Description Encodes KCS6, a member of the 3-ketoacyl-CoA synthase family involved in the biosynthesis of VLCFA (very long chain fatty acids).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25711383-25710184)

Genome position     
from initiation codon
AT1G68520.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G68530                        5'->3' (-)
Promoter sequence


 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G68530

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA82-25714804-71

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-25714807-74
TSS cloneTclone-25714806-73
TSS cloneAclone-25714804-71
TSS cloneAclone-25714803-70
TSS cloneCclone-25714800-67
TSS cloneTclone-25714798-65
TSS cloneAclone-25714747-14

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTTTATAT-2571483325714841-100-108
Y PatchCTTCCCTCTCTCAT-2571481225714825-79-92
Y PatchCTTCCTCT-2571484725714854-114-121
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTCATTT-2571494125714948-208-215
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2-25710967AT1G68520.1
TSS peakG13-25710856AT1G68520.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-25710879AT1G68520.1
TSS cloneCclone-25710878AT1G68520.1
TSS cloneGclone-25710856AT1G68520.1
TSS cloneTclone-25710855AT1G68520.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTTT-2571088825710896AT1G68520.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAACGACA-2571115825711166AT1G68520.1
 AtREG520AAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.