PlantPromoterDB promoter information of AT1G68660.1

Summary of Gene (AT1G68660.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G68660 TAIR NCBI
Gene model	AT1G68660.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: protein catabolic process; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Adaptor protein ClpS, core (InterPro:IPR003769), Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like (InterPro:IPR014719); Has 513 Blast hits to 513 proteins in 129 species: Archae - 0; Bacteria - 273; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 39; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 201 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25780083-25778884)

`Genome position from initiation codon` `AT1G68660.2 TSS from cDNA TSS information AT1G68660.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G68660.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 25779161 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	25779161	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 25779109 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	25779109	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCGTTTTGA - 25779210 25779218 -127 -135

AtREG585 GCGTTTTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG653 CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GCCTTTAA - 25779231 25779238 -148 -155

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGGTTCGGTAAACCGG - 25779262 25779277 -179 -194

AtREG655 TGGTTCGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGT        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG519        GTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412         TAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGGTTCAA - 25779381 25779388 -298 -305

AtREG640 CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGAACCGGTTC - 25779430 25779441 -347 -358

AtREG640 TTGAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528   GAACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCGTTTTGA`		-	25779210	25779218	-127	-135
	AtREG585	`GCGTTTTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GCCTTTAA`		-	25779231	25779238	-148	-155
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGGTTCGGTAAACCGG`		-	25779262	25779277	-179	-194
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG519	`GTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGGTTCAA`		-	25779381	25779388	-298	-305
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGAACCGGTTC`		-	25779430	25779441	-347	-358
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None