PlantPromoterDB promoter information of AT1G69010.1

Summary of Gene (AT1G69010.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G69010 TAIR NCBI
Gene model	AT1G69010.1
Description	BES1-interacting Myc-like protein 2 (BIM2); FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: dTDP-rhamnose biosynthetic process, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BIM1; DNA binding / protein binding / transcription factor (TAIR:AT5G08130.3); Has 1614 Blast hits to 1609 proteins in 139 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 201; Fungi - 38; Plants - 1371; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25940804-25942003)

`Genome position from initiation codon` `AT1G69000 AT1G69000.1 TSS from cDNA TSS information AT1G69010.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G68990.1 AT1G69000.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G69010.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 25941745 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	25941745	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCACGTG + 25941487 25941494 -317 -310

AtREG544 ACCACGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CACGTGAC + 25941498 25941505 -306 -299

AtREG583 CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CCCACGTGTCAT + 25941550 25941561 -254 -243

AtREG464 CCCACGTG     ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382 CCACGTGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG438     CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTAACCGGGT + 25941584 25941596 -220 -208

AtREG535 GGCCTAAC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455      AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTACACGT + 25941611 25941618 -193 -186

AtREG562 GTACACGT ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCACGTG`		+	25941487	25941494	-317	-310
	AtREG544	`ACCACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CACGTGAC`		+	25941498	25941505	-306	-299
	AtREG583	`CACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CCCACGTGTCAT`		+	25941550	25941561	-254	-243
	AtREG464	`CCCACGTG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG438	`CGTGTCAT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTAACCGGGT`		+	25941584	25941596	-220	-208
	AtREG535	`GGCCTAAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTACACGT`		+	25941611	25941618	-193	-186
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 25940966 AT1G68990.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	25940966	AT1G68990.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None