version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G69330.1

Summary of Gene (AT1G69330.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G69330  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G69330.1  
Description zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-protein ligase (TAIR:AT3G29270.2); Has 225 Blast hits to 225 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 120; Fungi - 0; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26065950-26064751)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G69330.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
AT1G69340.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G69330.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG5-26065476-526

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-26065483-533

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTCTT-2606543426065442-484-492
Y PatchTTCTTCTCTTCC-2606545226065463-502-513
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCGTTTTG-2606552026065527-570-577
 AtREG585GCGTTTTG PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
REGTGTCGTTTTCGTCGTTT-2606554626065562-596-612
 AtREG569TGTCGTTT          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520 GTCGTTTT         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG648        TCGTCGTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415         CGTCGTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTTAACCG-2606563426065641-684-691
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTGTCGTTTA-2606573226065740-782-790
 AtREG569TGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5+26065802AT1G69340.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+26065724AT1G69340.1
TSS cloneTclone+26065731AT1G69340.1
TSS cloneTclone+26065754AT1G69340.1
TSS cloneTclone+26065757AT1G69340.1
TSS cloneGclone+26065762AT1G69340.1
TSS cloneGclone+26065766AT1G69340.1
TSS cloneTclone+26065789AT1G69340.1
TSS cloneGclone+26065802AT1G69340.1
TSS cloneGclone+26065821AT1G69340.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCCTC+2606584326065850AT1G69340.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAAAACGC+2606552026065527AT1G69340.1
 AtREG585CAAAACGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
REGAAACGACGAAAACGACA+2606554626065562AT1G69340.1
 AtREG415AAACGACG          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG648 AACGACGA         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520        AAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569         AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGGTTAAA+2606563426065641AT1G69340.1
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTAAACGACA+2606573226065740AT1G69340.1
 AtREG565TAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.