PlantPromoterDB promoter information of AT1G69410.1

Summary of Gene (AT1G69410.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G69410 TAIR NCBI
Gene model	AT1G69410.1
Description	EUKARYOTIC ELONGATION FACTOR 5A-3 (ELF5A-3); FUNCTIONS IN: translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation protein SH3-like (InterPro:IPR008991), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Translation protein SH3-like, subgroup (InterPro:IPR014722), Eukaryotic initiation factor 5A hypusine (eIF-5A) (InterPro:IPR001884); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ELF5A-1 (EUKARYOTIC ELONGATION FACTOR 5A-1); translation initiation factor (TAIR:AT1G13950.1); Has 986 Blast hits to 984 proteins in 296 species: Archae - 160; Bacteria - 0; Metazoa - 294; Fungi - 163; Plants - 195; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 174 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26088301-26089500)

`Genome position from initiation codon` `AT1G69400.1 AT1G69400.2 TSS from cDNA TSS information AT1G69410.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G69410.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 26089242 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	26089242	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26089238 -63

TSS clone A clone + 26089239 -62

TSS clone C clone + 26089249 -52

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26089238	-63
TSS clone	`A`	clone	+	26089239	-62
TSS clone	`C`	clone	+	26089249	-52

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTCTATAAAAA + 26089203 26089213 -98 -88

Y Patch CTTTCTCTCT + 26089249 26089258 -52 -43

Y Patch TCTCTTCTCTTCC + 26089274 26089286 -27 -15

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTCTATAAAAA`	+	26089203	26089213	-98	-88
Y Patch	`CTTTCTCTCT`	+	26089249	26089258	-52	-43
Y Patch	`TCTCTTCTCTTCC`	+	26089274	26089286	-27	-15
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGACTTT + 26088978 26088985 -323 -316

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTGACTTT + 26089003 26089010 -298 -291

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAACGCCGCACGTGTA + 26089123 26089139 -178 -162

AtREG650 AAAACGCC          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG541        CGCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG453          CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

REG CGACACGTCA + 26089159 26089168 -142 -133

AtREG478 CGACACGT   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG517   ACACGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ACCCTAGA + 26089180 26089187 -121 -114

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGACTTT`		+	26088978	26088985	-323	-316
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTGACTTT`		+	26089003	26089010	-298	-291
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`AAAACGCCGCACGTGTA`		+	26089123	26089139	-178	-162
	AtREG650	`AAAACGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG453	`CACGTGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
REG	`CGACACGTCA`		+	26089159	26089168	-142	-133
	AtREG478	`CGACACGT`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ACCCTAGA`		+	26089180	26089187	-121	-114
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None