PlantPromoterDB promoter information of AT1G69510.2

Summary of Gene (AT1G69510.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G69510 TAIR NCBI
Gene model	AT1G69510.2
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lg106-like (InterPro:IPR012482); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G64130.1); Has 92 Blast hits to 92 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 92; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26125779-26126978)

`Genome position from initiation codon` `AT1G69500.1 AT1G69510.1 AT1G69510.3 TSS from cDNA TSS information AT1G69510.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G69510.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 42 + 26126378 -401

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	42	+	26126378	-401

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 26126355 -424

TSS clone T clone + 26126367 -412

TSS clone T clone + 26126370 -409

TSS clone A clone + 26126373 -406

TSS clone C clone + 26126379 -400

TSS clone G clone + 26126381 -398

TSS clone A clone + 26126388 -391

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	26126355	-424
TSS clone	`T`	clone	+	26126367	-412
TSS clone	`T`	clone	+	26126370	-409
TSS clone	`A`	clone	+	26126373	-406
TSS clone	`C`	clone	+	26126379	-400
TSS clone	`G`	clone	+	26126381	-398
TSS clone	`A`	clone	+	26126388	-391

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAA + 26126214 26126221 -565 -558

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTGGCCCAATTAAGGCCCAAAC + 26126287 26126308 -492 -471

AtREG484 TTGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418    GCCCAATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600     CCCAATTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG416          TTAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351           TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353            AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356             AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373              GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474               GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAA`		+	26126214	26126221	-565	-558
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTGGCCCAATTAAGGCCCAAAC`		+	26126287	26126308	-492	-471
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None