PlantPromoterDB promoter information of AT1G70090.1

Summary of Gene (AT1G70090.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G70090 TAIR NCBI
Gene model	AT1G70090.1
Description	Encodes a protein with putative galacturonosyltransferase activity.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26399927-26401126)

`Genome position from initiation codon` `AT1G70090.2 TSS from cDNA TSS information AT1G70090.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G70090.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 18 + 26400790 -137

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	18	+	26400790	-137

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26400790 -137

TSS clone T clone + 26400791 -136

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26400790	-137
TSS clone	`T`	clone	+	26400791	-136

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCTCTT + 26400742 26400751 -185 -176

Y Patch CCTTCTTCT + 26400776 26400784 -151 -143

Y Patch CTTTCTTC + 26400799 26400806 -128 -121

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCTCTT`	+	26400742	26400751	-185	-176
Y Patch	`CCTTCTTCT`	+	26400776	26400784	-151	-143
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	26400799	26400806	-128	-121
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTACG + 26400656 26400663 -271 -264

AtREG646 TAATTACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCAAAACGAC + 26400678 26400687 -249 -240

AtREG653 TCAAAACG   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG520   AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCACGCGCTT + 26400706 26400716 -221 -211

AtREG631 TTCACGCG    Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG395 TCACGCGC   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381   CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG492    ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AAGCGCGTGT + 26400724 26400733 -203 -194

AtREG492 AAGCGCGT   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG385   GCGCGTGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTACG`		+	26400656	26400663	-271	-264
	AtREG646	`TAATTACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCAAAACGAC`		+	26400678	26400687	-249	-240
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCACGCGCTT`		+	26400706	26400716	-221	-211
	AtREG631	`TTCACGCG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG395	`TCACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGTGT`		+	26400724	26400733	-203	-194
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG385	`GCGCGTGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None