PlantPromoterDB promoter information of AT1G71030

Summary of Gene (AT1G71030)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G71030 TAIR NCBI
Gene model	AT1G71030
Description	Encodes a putative myb family transcription factor. In contrast to most other myb-like proteins its myb domain consists of a single repeat. A proline-rich region potentially involved in transactivation is found in the C-terminal part of the protein. Its transcript accumulates mainly in leaves.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26793476-26792277)

`Genome position from initiation codon` `AT1G71020.1 AT1G71020.2 TSS from cDNA TSS information AT1G71030 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G71030

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 26796286 -60

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	26796286	-60

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 26796286 -60

TSS clone T clone - 26796282 -56

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	26796286	-60
TSS clone	`T`	clone	-	26796282	-56

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCTATATATC - 26796310 26796320 -84 -94

Y Patch TTTCTTCTC - 26796299 26796307 -73 -81

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCTATATATC`	-	26796310	26796320	-84	-94
Y Patch	`TTTCTTCTC`	-	26796299	26796307	-73	-81
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGACC - 26796438 26796445 -212 -219

AtREG406 GTGGGACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGACC`		-	26796438	26796445	-212	-219
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 26793174 AT1G71020.1, AT1G71020.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	26793174	AT1G71020.1, AT1G71020.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 26793173 AT1G71020.1, AT1G71020.2

TSS clone A clone - 26793171 AT1G71020.1, AT1G71020.2

TSS clone G clone - 26793166 AT1G71020.1, AT1G71020.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	26793173	AT1G71020.1, AT1G71020.2
TSS clone	`A`	clone	-	26793171	AT1G71020.1, AT1G71020.2
TSS clone	`G`	clone	-	26793166	AT1G71020.1, AT1G71020.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGTGTCGT - 26793252 26793259 AT1G71020.1, AT1G71020.2

AtREG599 GGTGTCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAAGCC - 26793338 26793345 AT1G71020.1, AT1G71020.2

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif