PlantPromoterDB promoter information of AT1G71270.1

Summary of Gene (AT1G71270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G71270 TAIR NCBI
Gene model	AT1G71270.1
Description	Encodes a homolog of the yeast Vps52p/SAC2. Involved in pollen tube germination and growth. Located in multiple endomembrane organelles including the golgi. The yeast protein has been shown to be located at the late Golgi and to function in a complex involved in retrograde trafficking of vesicles between the early endosomal compartment and the trans-Golgi network.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26862736-26863935)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G71270.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G71260.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G71270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 26863586 -150

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	26863586	-150

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 26863587 -149

TSS clone G clone + 26863595 -141

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	26863587	-149
TSS clone	`G`	clone	+	26863595	-141

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAAAACG + 26863456 26863463 -280 -273

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTTAACGGCCCAATGGGCCTTTA + 26863515 26863537 -221 -199

AtREG610 TTTAACGG                PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG377    AACGGCCC             PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368     ACGGCCCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414      CGGCCCAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352       GGCCCAAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461        GCCCAATG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG551           CAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361            AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354             ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353              TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359               GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467                GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAAAACG`		+	26863456	26863463	-280	-273
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTTAACGGCCCAATGGGCCTTTA`		+	26863515	26863537	-221	-199
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 26863418 AT1G71260.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	26863418	AT1G71260.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 26863418 AT1G71260.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	26863418	AT1G71260.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAGGCCCATTGGGCCGTTAAA - 26863515 26863537 AT1G71260.1

AtREG467 TAAAGGCC                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG551      GCCCATTG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG461         CATTGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352          ATTGGGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414           TTGGGCCG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368            TGGGCCGT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377             GGGCCGTT    PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG610                CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR