version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G72170.1

Summary of Gene (AT1G72170.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G72170  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G72170.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF543 (InterPro:IPR007512); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G22520.2); Has 60 Blast hits to 60 proteins in 23 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 28; Fungi - 0; Plants - 26; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27155403-27156602)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G72170.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
AT1G72160.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G72170.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+27156335-68

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+27156336-67
TSS cloneGclone+27156344-59

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTACGGCCCATCA+2715624627156257-157-146
 AtREG499TACGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368 ACGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380  CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG403   GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG635    GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATATTGGGCCTAAGTTAAGGCC+2715626527156286-138-117
 AtREG509ATATTGGG               PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   TTGGGCCT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358    TGGGCCTA           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360     GGGCCTAA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG563      GGCCTAAG         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG416              TTAAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA47-27155648AT1G72160.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-27155648AT1G72160.1
TSS cloneGclone-27155647AT1G72160.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTCTATAAACC-2715567227155683AT1G72160.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGACGACGTC-2715571927155727AT1G72160.1
 AtREG526GACGACGT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGATACCCTT-2715573827155745AT1G72160.1
 AtREG623ATACCCTT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGAAAACCGGTTCG-2715576127155772AT1G72160.1
 AtREG542AAAACCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436 AAACCGGT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528   ACCGGTTC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423    CCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.