PlantPromoterDB promoter information of AT1G72260.1

Summary of Gene (AT1G72260.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G72260 TAIR NCBI
Gene model	AT1G72260.1
Description	Encodes a thionin which is a cysteine rich protein having antimicrobial properties. Thi2.1 is expressed in response to a variety of pathogens and induced by ethylene and jasmonic acid. Belongs to the plant thionin (PR-13) family with the following members: At1g66100, At5g36910, At1g72260, At2g15010, At1g12663, At1g12660.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27189258-27188059)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G72260.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G72230.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G72260.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 27199430 -72

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	27199430	-72

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 27199437 -79

TSS clone A clone - 27199436 -78

TSS clone T clone - 27199435 -77

TSS clone A clone - 27199432 -74

TSS clone C clone - 27199429 -71

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	27199437	-79
TSS clone	`A`	clone	-	27199436	-78
TSS clone	`T`	clone	-	27199435	-77
TSS clone	`A`	clone	-	27199432	-74
TSS clone	`C`	clone	-	27199429	-71

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTAAA - 27199560 27199567 -202 -209

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTAAA`		-	27199560	27199567	-202	-209
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 27188239 AT1G72230.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	27188239	AT1G72230.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 27188240 AT1G72230.1

TSS clone A clone + 27188243 AT1G72230.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	27188240	AT1G72230.1
TSS clone	`A`	clone	+	27188243	AT1G72230.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATATATCT + 27188200 27188212 AT1G72230.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATATATCT`	+	27188200	27188212	AT1G72230.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATACCCTT + 27188182 27188189 AT1G72230.1

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif