PlantPromoterDB promoter information of AT1G72430

Summary of Gene (AT1G72430)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G72430 TAIR NCBI
Gene model	AT1G72430
Description	auxin-responsive protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to auxin stimulus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive protein-related (TAIR:AT1G17345.1); Has 67 Blast hits to 67 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27266509-27265310)

`Genome position from initiation codon` `AT1G72430.1 TSS from cDNA TSS information AT1G72430 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G72430

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 67 - 27265669 -160

TSS peak A 2 - 27265564 -55

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	67	-	27265669	-160
TSS peak	`A`	2	-	27265564	-55

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 27265670 -161

TSS clone A clone - 27265668 -159

TSS clone A clone - 27265564 -55

TSS clone G clone - 27265563 -54

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	27265670	-161
TSS clone	`A`	clone	-	27265668	-159
TSS clone	`A`	clone	-	27265564	-55
TSS clone	`G`	clone	-	27265563	-54

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATC - 27265590 27265599 -81 -90

TATA Box AATATATATACAC - 27265694 27265706 -185 -197

Y Patch TTCCTCTCTTCTTCTTCC - 27265634 27265651 -125 -142

Y Patch CATCTCTC - 27265657 27265664 -148 -155

Y Patch TTTCCTCC - 27265671 27265678 -162 -169

Y Patch CCTTCCTC - 27265683 27265690 -174 -181

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATC`	-	27265590	27265599	-81	-90
TATA Box	`AATATATATACAC`	-	27265694	27265706	-185	-197
Y Patch	`TTCCTCTCTTCTTCTTCC`	-	27265634	27265651	-125	-142
Y Patch	`CATCTCTC`	-	27265657	27265664	-148	-155
Y Patch	`TTTCCTCC`	-	27265671	27265678	-162	-169
Y Patch	`CCTTCCTC`	-	27265683	27265690	-174	-181
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAATGGGC - 27265808 27265815 -299 -306

AtREG551 CAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAATGGGC`		-	27265808	27265815	-299	-306
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None