PlantPromoterDB promoter information of AT1G72510.2

Summary of Gene (AT1G72510.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G72510 TAIR NCBI
Gene model	AT1G72510.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1677, plant (InterPro:IPR012876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G09970.1); Has 130 Blast hits to 129 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27302906-27304105)

`Genome position from initiation codon` `AT1G72510.1 TSS from cDNA TSS information AT1G72510.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G72510.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 30 + 27303368 -538

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	30	+	27303368	-538

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 27303367 -539

TSS clone C clone + 27303372 -534

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	27303367	-539
TSS clone	`C`	clone	+	27303372	-534

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATAAAAC + 27303329 27303340 -577 -566

Y Patch TTCTTCTTCC + 27303320 27303329 -586 -577

Y Patch CTTCTCCTTC + 27303352 27303361 -554 -545

Y Patch TCTTCTCTCTCTTCTTC + 27303374 27303390 -532 -516

Y Patch TTCTCTCTTCCTC + 27303396 27303408 -510 -498

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATAAAAC`	+	27303329	27303340	-577	-566
Y Patch	`TTCTTCTTCC`	+	27303320	27303329	-586	-577
Y Patch	`CTTCTCCTTC`	+	27303352	27303361	-554	-545
Y Patch	`TCTTCTCTCTCTTCTTC`	+	27303374	27303390	-532	-516
Y Patch	`TTCTCTCTTCCTC`	+	27303396	27303408	-510	-498
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGACGTGACA + 27303109 27303120 -797 -786

AtREG526 GACGACGT     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG606     ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCAAACCGAA + 27303154 27303163 -752 -743

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTGACGTGGCTTTTA + 27303302 27303316 -604 -590

AtREG440 CTGACGTG        ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419 TGACGTGG       PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388   GACGTGGC      PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450    ACGTGGCT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG608     CGTGGCTT    ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG549        GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGACGTGACA`		+	27303109	27303120	-797	-786
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CCAAACCGAA`		+	27303154	27303163	-752	-743
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CTGACGTGGCTTTTA`		+	27303302	27303316	-604	-590
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None