PlantPromoterDB promoter information of AT1G72730

Summary of Gene (AT1G72730)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G72730 TAIR NCBI
Gene model	AT1G72730
Description	eukaryotic translation initiation factor 4A, putative / eIF-4A, putative; FUNCTIONS IN: helicase activity, nucleic acid binding, ATP-dependent helicase activity, ATP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cytosol, plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EIF4A1 (EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A1); ATP-dependent helicase/ translation initiation factor (TAIR:AT3G13920.1); Has 31616 Blast hits to 31226 proteins in 1784 species: Archae - 458; Bacteria - 14276; Metazoa - 4974; Fungi - 3353; Plants - 1386; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 7153 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27373093-27371894)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G72730 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G72710.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G72730

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 27380157 -564

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	27380157	-564

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 27380182 -589

TSS clone C clone - 27380089 -496

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	27380182	-589
TSS clone	`C`	clone	-	27380089	-496

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCTTTTT - 27380391 27380401 -798 -808

AtREG608 CGTGGCTT ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCTTTTT`		-	27380391	27380401	-798	-808
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 27372240 AT1G72710.1

TSS peak G 4 + 27372251 AT1G72710.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	27372240	AT1G72710.1
TSS peak	`G`	4	+	27372251	AT1G72710.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 27372273 AT1G72710.1

TSS clone T clone + 27372274 AT1G72710.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	27372273	AT1G72710.1
TSS clone	`T`	clone	+	27372274	AT1G72710.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTTCCC + 27372271 27372278 AT1G72710.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTTCCC`	+	27372271	27372278	AT1G72710.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTGGGCCGGG + 27372126 27372136 AT1G72710.1

AtREG397 TCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457   TGGGCCGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG404    GGGCCGGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GCCCAATAT + 27372141 27372149 AT1G72710.1

AtREG355 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509 CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TACGGCCCAACA + 27372158 27372169 AT1G72710.1

AtREG499 TACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449    GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543     GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA