PlantPromoterDB promoter information of AT1G73230.1

Summary of Gene (AT1G73230.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G73230 TAIR NCBI
Gene model	AT1G73230.1
Description	nascent polypeptide-associated complex (NAC) domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nascent polypeptide-associated complex NAC (InterPro:IPR002715); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nascent polypeptide-associated complex (NAC) domain-containing protein / BTF3b-like transcription factor, putative (TAIR:AT1G17880.1); Has 618 Blast hits to 618 proteins in 181 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 331; Fungi - 126; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27542364-27541165)

`Genome position from initiation codon` `AT1G73240.1 TSS from cDNA TSS information AT1G73230.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G73230.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 27541954 -590

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	27541954	-590

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 27541944 -580

TSS clone C clone - 27541941 -577

TSS clone T clone - 27541907 -543

TSS clone G clone - 27541905 -541

TSS clone G clone - 27541904 -540

TSS clone C clone - 27541897 -533

TSS clone T clone - 27541896 -532

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	27541944	-580
TSS clone	`C`	clone	-	27541941	-577
TSS clone	`T`	clone	-	27541907	-543
TSS clone	`G`	clone	-	27541905	-541
TSS clone	`G`	clone	-	27541904	-540
TSS clone	`C`	clone	-	27541897	-533
TSS clone	`T`	clone	-	27541896	-532

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACCGTTGGAT - 27542001 27542011 -637 -647

AtREG553 GACCGTTG    Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG554   CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586    CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TAGGGCCCATGG - 27542045 27542056 -681 -692

AtREG387 TAGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG400 AGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504    GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG507     GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG AAATGGGCCA - 27542066 27542075 -702 -711

AtREG386 AAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACCGTTGGAT`		-	27542001	27542011	-637	-647
	AtREG553	`GACCGTTG`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TAGGGCCCATGG`		-	27542045	27542056	-681	-692
	AtREG387	`TAGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG400	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG507	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCCA`		-	27542066	27542075	-702	-711
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None