PlantPromoterDB promoter information of AT1G73990.1

Summary of Gene (AT1G73990.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G73990 TAIR NCBI
Gene model	AT1G73990.1
Description	Encodes a putative protease SppA (SppA).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27823465-27824664)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G73990.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G73980.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G73990.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 27824432 -33

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	27824432	-33

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCTTCTTC + 27824397 27824410 -68 -55

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCTTCTTC`	+	27824397	27824410	-68	-55
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGAACCGA + 27824203 27824212 -262 -253

AtREG451 ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456 CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575   CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAAC + 27824281 27824288 -184 -177

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 27824290 27824297 -175 -168

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTCCACGT + 27824328 27824335 -137 -130

AtREG513 GTCCACGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TCACACGTCAC + 27824350 27824360 -115 -105

AtREG588 TCACACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   ACACGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG466    CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GACGACGTGGAA + 27824376 27824387 -89 -78

AtREG526 GACGACGT     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG465   CGACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG627     ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGAACCGA`		+	27824203	27824212	-262	-253
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAAC`		+	27824281	27824288	-184	-177
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	27824290	27824297	-175	-168
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTCCACGT`		+	27824328	27824335	-137	-130
	AtREG513	`GTCCACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TCACACGTCAC`		+	27824350	27824360	-115	-105
	AtREG588	`TCACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GACGACGTGGAA`		+	27824376	27824387	-89	-78
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG627	`ACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 27824060 AT1G73980.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	27824060	AT1G73980.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 27824036 AT1G73980.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	27824036	AT1G73980.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCCTCCTTC - 27824073 27824086 AT1G73980.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCCTCCTTC`	-	27824073	27824086	AT1G73980.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCGGTTCGGT - 27824203 27824212 AT1G73980.1

AtREG575 TCGGTTCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456 CGGTTCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTCGGTT - 27824281 27824288 AT1G73980.1

AtREG556 GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCGGTTT - 27824290 27824297 AT1G73980.1

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACGTGGAC - 27824328 27824335 AT1G73980.1

AtREG513 ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GTGACGTGTGA - 27824350 27824360 AT1G73980.1

AtREG466 GTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517 TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG588    ACGTGTGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG