PlantPromoterDB promoter information of AT1G74030

Summary of Gene (AT1G74030)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G74030 TAIR NCBI
Gene model	AT1G74030
Description	enolase, putative; FUNCTIONS IN: phosphopyruvate hydratase activity; INVOLVED IN: in 12 processes; LOCATED IN: phosphopyruvate hydratase complex, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Enolase (InterPro:IPR000941); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LOS2; copper ion binding / phosphopyruvate hydratase (TAIR:AT2G36530.1); Has 9513 Blast hits to 9495 proteins in 2259 species: Archae - 189; Bacteria - 3126; Metazoa - 1415; Fungi - 220; Plants - 154; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4409 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27842901-27841702)

`Genome position from initiation codon` `AT1G74030.1 TSS from cDNA TSS information AT1G74030 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G74040.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G74030

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 - 27841931 -30

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	-	27841931	-30

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 27841948 -47

TSS clone A clone - 27841931 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	27841948	-47
TSS clone	`A`	clone	-	27841931	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGAACCGGTTTAA - 27842053 27842065 -152 -164

AtREG480 TGAACCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528 GAACCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436    ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412     CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473      CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGAACCGAACCGAACCA - 27842111 27842128 -210 -227

AtREG456 CCGAACCGAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575 CGAACCGAACCGA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655           CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGAACCGGTTTAA`		-	27842053	27842065	-152	-164
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGAACCGAACCGAACCA`		-	27842111	27842128	-210	-227
	AtREG456	`CCGAACCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 27842168 AT1G74040.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	27842168	AT1G74040.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 27842171 AT1G74040.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	27842171	AT1G74040.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAAACCGGTTCA + 27842053 27842065 AT1G74040.1

AtREG473 TTAAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528     ACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480      CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGGTTCGGTTCGGTTCG + 27842111 27842127 AT1G74040.1

AtREG655 TGGTTCGG          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGTTCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556   GTTCGGTTCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575     TCGGTTCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456      CGGTTCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif