PlantPromoterDB promoter information of AT1G74270.1

Summary of Gene (AT1G74270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G74270 TAIR NCBI
Gene model	AT1G74270.1
Description	60S ribosomal protein L35a (RPL35aC); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L35Ae (InterPro:IPR001780), Ribosomal protein L35Ae, conserved site (InterPro:IPR018266); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L35a (RPL35aA) (TAIR:AT1G07070.1); Has 541 Blast hits to 541 proteins in 186 species: Archae - 21; Bacteria - 0; Metazoa - 228; Fungi - 97; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 102 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27930466-27929267)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G74270.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G74280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G74270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 36 - 27929497 -31

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	36	-	27929497	-31

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 27929497 -31

TSS clone T clone - 27929489 -23

TSS clone G clone - 27929478 -12

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	27929497	-31
TSS clone	`T`	clone	-	27929489	-23
TSS clone	`G`	clone	-	27929478	-12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTC - 27929521 27929530 -55 -64

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTC`	-	27929521	27929530	-55	-64
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAGGCCCATAAGCCCATA - 27929537 27929556 -71 -90

AtREG416 TTAAGGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364     GGCCCATA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394      GCCCATAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG462          ATAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426           TAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477             AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CCCAATAG - 27929559 27929566 -93 -100

AtREG624 CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGCCCAAG - 27929586 27929595 -120 -129

AtREG437 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505   GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GAAGCCCATTT - 27929618 27929628 -152 -162

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGTCATTT - 27929756 27929763 -290 -297

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCTTTAA - 27929788 27929795 -322 -329

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAGGCCCATAAGCCCATA`		-	27929537	27929556	-71	-90
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CCCAATAG`		-	27929559	27929566	-93	-100
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCAAG`		-	27929586	27929595	-120	-129
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG505	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GAAGCCCATTT`		-	27929618	27929628	-152	-162
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGTCATTT`		-	27929756	27929763	-290	-297
	AtREG657	`CGTCATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCTTTAA`		-	27929788	27929795	-322	-329
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 27929710 AT1G74280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	27929710	AT1G74280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 27929649 AT1G74280.1

TSS clone G clone + 27929662 AT1G74280.1

TSS clone T clone + 27929670 AT1G74280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	27929649	AT1G74280.1
TSS clone	`G`	clone	+	27929662	AT1G74280.1
TSS clone	`T`	clone	+	27929670	AT1G74280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTTT + 27929693 27929700 AT1G74280.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTTT`	+	27929693	27929700	AT1G74280.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGCCCTAATATGGGCTTATGGGCCTTAA + 27929528 27929556 AT1G74280.1

AtREG651 AAGCCCTA                      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG432         ATATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477          TATGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378           ATGGGCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426            TGGGCTTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462             GGGCTTAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG394                 TTATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364                  TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353                    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351                     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416                      GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTATTGGG + 27929559 27929566 AT1G74280.1

AtREG624 CTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCCAT + 27929586 27929595 AT1G74280.1

AtREG505 CTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437   TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAATGGGCTTC + 27929618 27929628 AT1G74280.1

AtREG386 AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476    TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY