PlantPromoterDB promoter information of AT1G75270.1

Summary of Gene (AT1G75270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G75270 TAIR NCBI
Gene model	AT1G75270.1
Description	DEHYDROASCORBATE REDUCTASE 2 (DHAR2); FUNCTIONS IN: glutathione binding, glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Glutathione S-transferase, C-terminal (InterPro:IPR004046), Glutathione S-transferase, C-terminal-like (InterPro:IPR010987), Glutathione S-transferase/chloride channel, C-terminal (InterPro:IPR017933), Glutathione S-transferase, N-terminal (InterPro:IPR004045), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DHAR1 (dehydroascorbate reductase); copper ion binding / glutathione dehydrogenase (ascorbate) (TAIR:AT1G19570.1); Has 3494 Blast hits to 3457 proteins in 719 species: Archae - 0; Bacteria - 1289; Metazoa - 927; Fungi - 138; Plants - 445; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 695 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28252237-28251038)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G75270.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G75280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 28251289 -52

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	28251289	-52

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 28251350 -113

TSS clone A clone - 28251349 -112

TSS clone T clone - 28251343 -106

TSS clone T clone - 28251288 -51

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	28251350	-113
TSS clone	`A`	clone	-	28251349	-112
TSS clone	`T`	clone	-	28251343	-106
TSS clone	`T`	clone	-	28251288	-51

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 20 + 28251965 AT1G75280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	20	+	28251965	AT1G75280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 28251961 AT1G75280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	28251961	AT1G75280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTCCGGTTAA + 28251787 28251796 AT1G75280.1

AtREG534 TTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621 TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501   CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TAAGGGTATT + 28251892 28251901 AT1G75280.1

AtREG570 TAAGGGTA   PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG567   AGGGTATT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif