PlantPromoterDB promoter information of AT1G75295.2

Summary of Gene (AT1G75295.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	TAIR NCBI
Gene model	AT1G75295.2
Description	Potential natural antisense gene, locus overlaps with AT1G75290 and AT1G75300

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28268512-28267313)

`Genome position` `AT1G75330.1 TSS from cDNA TSS information AT1G75295.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75295.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 28268407 AT1G75330.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	28268407	AT1G75330.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 28268407 AT1G75330.1

TSS clone A clone - 28268406 AT1G75330.1

TSS clone A clone - 28268403 AT1G75330.1

TSS clone T clone - 28268399 AT1G75330.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	28268407	AT1G75330.1
TSS clone	`A`	clone	-	28268406	AT1G75330.1
TSS clone	`A`	clone	-	28268403	AT1G75330.1
TSS clone	`T`	clone	-	28268399	AT1G75330.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCTTATAAAGG - 28268434 28268445 AT1G75330.1

Y Patch CTCTCTCT - 28268395 28268402 AT1G75330.1

Y Patch TCTCTCTT - 28268441 28268448 AT1G75330.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCTTATAAAGG`	-	28268434	28268445	AT1G75330.1
Y Patch	`CTCTCTCT`	-	28268395	28268402	AT1G75330.1
Y Patch	`TCTCTCTT`	-	28268441	28268448	AT1G75330.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAAGCCCAATAAG - 28268466 28268480 AT1G75330.1

AtREG589 AAAAAGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417       CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611        CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAATGGGCCTAG - 28268484 28268495 AT1G75330.1

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG475     GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC