PlantPromoterDB promoter information of AT1G75670.1

Summary of Gene (AT1G75670.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G75670 TAIR NCBI
Gene model	AT1G75670.1
Description	DNA-directed RNA polymerase/ RNA binding; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, RNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: S1, RNA binding (InterPro:IPR003029), RNA polymerase Rpb7, N-terminal (InterPro:IPR005576); Has 39 Blast hits to 39 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 6; Plants - 25; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28417505-28416306)

`Genome position from initiation codon` `AT1G75670.2 AT1G75680.1 TSS from cDNA TSS information AT1G75670.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75670.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 28417498 -993

TSS peak A 2 - 28416840 -335

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	28417498	-993
TSS peak	`A`	2	-	28416840	-335

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 28416627 -122

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	28416627	-122

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC - 28416823 28416830 -318 -325

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	-	28416823	28416830	-318	-325
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGAACCGGGTTATTGGG - 28416889 28416905 -384 -400

AtREG423 CGAACCGG          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455   AACCGGGT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516    ACCGGGTT       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417          TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACCGGAAA - 28416922 28416932 -417 -427

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCGGTTA - 28416958 28416966 -453 -461

AtREG552 GACCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CAGCGTTT - 28417734 28417741 -1229 -1236

AtREG626 CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TATATGGG - 28417778 28417785 -1273 -1280

AtREG620 TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGAACCGGGTTATTGGG`		-	28416889	28416905	-384	-400
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGGAAA`		-	28416922	28416932	-417	-427
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCGGTTA`		-	28416958	28416966	-453	-461
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`CAGCGTTT`		-	28417734	28417741	-1229	-1236
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TATATGGG`		-	28417778	28417785	-1273	-1280
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None