PlantPromoterDB promoter information of AT1G75710

Summary of Gene (AT1G75710)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G75710 TAIR NCBI
Gene model	AT1G75710
Description	zinc finger (C2H2 type) family protein; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C2H2 type) family protein (TAIR:AT4G27240.1); Has 475 Blast hits to 218 proteins in 40 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 74; Fungi - 30; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 265 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28423206-28424405)

`Genome position from initiation codon` `AT1G75700.1 TSS from cDNA TSS information AT1G75710 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G75690.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75710

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 28428777 -29

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	28428777	-29

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 28428723 -83

TSS clone A clone + 28428724 -82

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	28428723	-83
TSS clone	`A`	clone	+	28428724	-82

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTT + 28428793 28428802 -13 -4

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTT`	+	28428793	28428802	-13	-4
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCCCACTA + 28428655 28428663 -151 -143

AtREG510 AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532 GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCCCACTA`		+	28428655	28428663	-151	-143
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 28423285 AT1G75690.1

TSS clone T clone - 28423237 AT1G75690.1

TSS clone peak C clone - 28423218 AT1G75690.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	28423285	AT1G75690.1
TSS clone	`T`	clone	-	28423237	AT1G75690.1
TSS clone peak	`C`	clone	-	28423218	AT1G75690.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTTCTTCCTCTC - 28423234 28423250 AT1G75690.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTTCTTCCTCTC`	-	28423234	28423250	AT1G75690.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGCCACGTG - 28423309 28423318 AT1G75690.1

AtREG608 AAGCCACG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450 AGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367 GCCACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

REG CCGTTGGAT - 28423474 28423482 AT1G75690.1

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif