PlantPromoterDB promoter information of AT1G75780.1

Summary of Gene (AT1G75780.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G75780 TAIR NCBI
Gene model	AT1G75780.1
Description	beta tubulin gene downregulated by phytochrome A (phyA)-mediated far-red light high-irradiance and the phytochrome B (phyB)-mediated red light high-irradiance responses

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28449302-28448103)

`Genome position from initiation codon` `AT1G75760.1 TSS from cDNA TSS information AT1G75780.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75780.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 28453691 -89

TSS peak A 13 - 28453634 -32

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	28453691	-89
TSS peak	`A`	13	-	28453634	-32

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 28453640 -38

TSS clone T clone - 28453639 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	28453640	-38
TSS clone	`T`	clone	-	28453639	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCCTCCTTCTTCTCCTTC - 28453644 28453664 -42 -62

Y Patch CCTCTCTCTCTCCCTCTCC - 28453672 28453690 -70 -88

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCCTCCTTCTTCTCCTTC`	-	28453644	28453664	-42	-62
Y Patch	`CCTCTCTCTCTCCCTCTCC`	-	28453672	28453690	-70	-88
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGTTAAA - 28453759 28453766 -157 -164

AtREG645 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AAAGTCAA - 28453836 28453843 -234 -241

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGTTAAA`		-	28453759	28453766	-157	-164
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AAAGTCAA`		-	28453836	28453843	-234	-241
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 30 - 28448596 AT1G75760.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	30	-	28448596	AT1G75760.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 28448646 AT1G75760.1

TSS clone G clone - 28448632 AT1G75760.1

TSS clone G clone - 28448595 AT1G75760.1

TSS clone T clone - 28448475 AT1G75760.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	28448646	AT1G75760.1
TSS clone	`G`	clone	-	28448632	AT1G75760.1
TSS clone	`G`	clone	-	28448595	AT1G75760.1
TSS clone	`T`	clone	-	28448475	AT1G75760.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATCCACGTGTCAC - 28448685 28448697 AT1G75760.1

AtREG547 ATCCACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTG     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382   CCACGTGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366    CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389     ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498      CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif