version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G75780.1

Summary of Gene (AT1G75780.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G75780  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G75780.1  
Description beta tubulin gene downregulated by phytochrome A (phyA)-mediated far-red light high-irradiance and the phytochrome B (phyB)-mediated red light high-irradiance responses  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28459552-28458353)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G75780.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G75800.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75780.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG13-28453691-89
TSS peakA13-28453634-32

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-28453640-38
TSS cloneTclone-28453639-37

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCCTCCTTCTTCTCCTTC-2845364428453664-42-62
Y PatchCCTCTCTCTCTCCCTCTCC-2845367228453690-70-88
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGGTTAAA-2845375928453766-157-164
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGAAAGTCAA-2845383628453843-234-241
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA69+28458789AT1G75800.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+28458782AT1G75800.1
TSS cloneCclone+28458784AT1G75800.1
TSS cloneTclone+28458787AT1G75800.1
TSS cloneAclone+28458789AT1G75800.1
TSS cloneGclone+28458790AT1G75800.1
TSS cloneAclone+28458791AT1G75800.1
TSS cloneAclone+28458830AT1G75800.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTACTATAAAGC+2845874528458755AT1G75800.1
Y PatchTCTTCTTCTTCATCTCTCTTTC+2845876128458782AT1G75800.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCCATTAT+2845854828458555AT1G75800.1
 AtREG546CCCATTAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGGTTAAA+2845864028458647AT1G75800.1
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGGTCCACGT+2845866828458675AT1G75800.1
 AtREG513GTCCACGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.