PlantPromoterDB promoter information of AT1G75870

Summary of Gene (AT1G75870)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G75870 TAIR NCBI
Gene model	AT1G75870
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; Has 3 Blast hits to 3 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28485532-28486731)

`Genome position from initiation codon` `AT1G75870.1 TSS from cDNA TSS information AT1G75870 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G75860.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G75870

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 28486455 -77

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	28486455	-77

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTATAAGT + 28486411 28486418 -121 -114

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTATAAGT`	+	28486411	28486418	-121	-114
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGACTTT + 28486186 28486193 -346 -339

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG ATAGGCCTAAT + 28486221 28486231 -311 -301

AtREG649 ATAGGCCT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG506    GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATTGGGC + 28486237 28486245 -295 -287

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAAGCCCAC + 28486260 28486270 -272 -262

AtREG549 TAAAAGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518    AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAGGCCCGTT + 28486287 28486298 -245 -234

AtREG459 AAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429    AGGCCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG401     GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

REG AAACGCGTTT + 28486351 28486360 -181 -172

AtREG633 AAACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGACTTT`		+	28486186	28486193	-346	-339
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`ATAGGCCTAAT`		+	28486221	28486231	-311	-301
	AtREG649	`ATAGGCCT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTATTGGGC`		+	28486237	28486245	-295	-287
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAAGCCCAC`		+	28486260	28486270	-272	-262
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAAGGCCCGTT`		+	28486287	28486298	-245	-234
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAACGCGTTT`		+	28486351	28486360	-181	-172
	AtREG633	`AAACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 28485957 AT1G75860.1

TSS clone peak T clone - 28485954 AT1G75860.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	28485957	AT1G75860.1
TSS clone peak	`T`	clone	-	28485954	AT1G75860.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None