version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G76160

Summary of Gene (AT1G76160)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G76160  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G76160  
Description SKU5 Similar 5 (sks5); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, copper ion binding; LOCATED IN: apoplast, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKS6 (SKU5-SIMILAR 6); pectinesterase (TAIR:AT1G41830.1); Has 3613 Blast hits to 3566 proteins in 612 species: Archae - 8; Bacteria - 911; Metazoa - 254; Fungi - 1504; Plants - 791; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 145 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28578670-28577471)

Genome position     
from initiation codon
AT1G76150.1         
AT1G76160.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G76160                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G76160

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA18-28581112-92

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-28581132-112
TSS cloneTclone-28581131-111
TSS cloneCclone-28581128-108
TSS cloneAclone-28581112-92
TSS cloneAclone-28581111-91
TSS cloneCclone-28581102-82
TSS cloneCclone-28581089-69
TSS cloneAclone-28581086-66
TSS cloneGclone-28581085-65
TSS cloneAclone-28581084-64
TSS cloneAclone-28581080-60

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCTCT-2858111728581125-97-105
Y PatchTCTCTCTCTCTCT-2858114728581159-127-139
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGGTCC-2858121228581219-192-199
 AtREG523GTGGGTCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4-28578345AT1G76150.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-28577700AT1G76150.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAAAGCC-2857848428578491AT1G76150.1
 AtREG549TAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.