PlantPromoterDB promoter information of AT1G76160

Summary of Gene (AT1G76160)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G76160 TAIR NCBI
Gene model	AT1G76160
Description	SKU5 Similar 5 (sks5); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, copper ion binding; LOCATED IN: apoplast, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKS6 (SKU5-SIMILAR 6); pectinesterase (TAIR:AT1G41830.1); Has 3613 Blast hits to 3566 proteins in 612 species: Archae - 8; Bacteria - 911; Metazoa - 254; Fungi - 1504; Plants - 791; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 145 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28578770-28577571)

`Genome position from initiation codon` `AT1G76150.1 AT1G76160.1 TSS from cDNA TSS information AT1G76160 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G76160

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 18 - 28581112 -92

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	18	-	28581112	-92

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 28581132 -112

TSS clone T clone - 28581131 -111

TSS clone C clone - 28581128 -108

TSS clone A clone - 28581112 -92

TSS clone A clone - 28581111 -91

TSS clone C clone - 28581102 -82

TSS clone C clone - 28581089 -69

TSS clone A clone - 28581086 -66

TSS clone G clone - 28581085 -65

TSS clone A clone - 28581084 -64

TSS clone A clone - 28581080 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	28581132	-112
TSS clone	`T`	clone	-	28581131	-111
TSS clone	`C`	clone	-	28581128	-108
TSS clone	`A`	clone	-	28581112	-92
TSS clone	`A`	clone	-	28581111	-91
TSS clone	`C`	clone	-	28581102	-82
TSS clone	`C`	clone	-	28581089	-69
TSS clone	`A`	clone	-	28581086	-66
TSS clone	`G`	clone	-	28581085	-65
TSS clone	`A`	clone	-	28581084	-64
TSS clone	`A`	clone	-	28581080	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTCT - 28581117 28581125 -97 -105

Y Patch TCTCTCTCTCTCT - 28581147 28581159 -127 -139

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTCT`	-	28581117	28581125	-97	-105
Y Patch	`TCTCTCTCTCTCT`	-	28581147	28581159	-127	-139
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGTCC - 28581212 28581219 -192 -199

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGTCC`		-	28581212	28581219	-192	-199
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 28578345 AT1G76150.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	28578345	AT1G76150.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 28577700 AT1G76150.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	28577700	AT1G76150.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAAGCC - 28578484 28578491 AT1G76150.1

AtREG549 TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif