PlantPromoterDB promoter information of AT1G76940.1

Summary of Gene (AT1G76940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G76940 TAIR NCBI
Gene model	AT1G76940.1
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleic acid binding / nucleotide binding (TAIR:AT1G21320.2); Has 450 Blast hits to 448 proteins in 97 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 247; Fungi - 119; Plants - 55; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 29 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 28905085-28903886)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G76940.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G76940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 28904269 -184

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	28904269	-184

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 28904271 -186

TSS clone A clone - 28904248 -163

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	28904271	-186
TSS clone	`A`	clone	-	28904248	-163

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACGGGCCGGG - 28904330 28904340 -245 -255

AtREG401 AACGGGCC    PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG404    GGGCCGGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GCCCGTTAATCCAACG - 28904366 28904381 -281 -296

AtREG399 GCCCGTTA         PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586         ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TAAATGGGCCTTAA - 28904397 28904410 -312 -325

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCACGT - 28904426 28904433 -341 -348

AtREG547 ATCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACGGGCCGGG`		-	28904330	28904340	-245	-255
	AtREG401	`AACGGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG404	`GGGCCGGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GCCCGTTAATCCAACG`		-	28904366	28904381	-281	-296
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCCTTAA`		-	28904397	28904410	-312	-325
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCACGT`		-	28904426	28904433	-341	-348
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None