PlantPromoterDB promoter information of AT1G77270.1

Summary of Gene (AT1G77270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G77270 TAIR NCBI
Gene model	AT1G77270.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G07730.1); Has 365 Blast hits to 331 proteins in 76 species: Archae - 0; Bacteria - 25; Metazoa - 174; Fungi - 10; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29027342-29028541)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G77270.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G77270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 29027771 -571

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	29027771	-571

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 29027778 -564

TSS clone T clone + 29027781 -561

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	29027778	-564
TSS clone	`T`	clone	+	29027781	-561

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAGGCC + 29027579 29027586 -763 -756

AtREG467 TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAAGGCC + 29027613 29027620 -729 -722

AtREG467 TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ACTGGGCCAAAAAGCC + 29027665 29027680 -677 -662

AtREG384 ACTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 CTGGGCCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484   TGGGCCAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG589         AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCGGCCCATTTA + 29027686 29027698 -656 -644

AtREG427 TTCGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAGGCC`		+	29027579	29027586	-763	-756
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAAGGCC`		+	29027613	29027620	-729	-722
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACTGGGCCAAAAAGCC`		+	29027665	29027680	-677	-662
	AtREG384	`ACTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCGGCCCATTTA`		+	29027686	29027698	-656	-644
	AtREG427	`TTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None