PlantPromoterDB promoter information of AT1G77380

Summary of Gene (AT1G77380)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G77380 TAIR NCBI
Gene model	AT1G77380
Description	Amino acid permease which transports basic amino acids.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29093852-29092653)

`Genome position from initiation codon` `AT1G77410.1 TSS from cDNA TSS information AT1G77380 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G77420.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G77380

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 29077390 -138

TSS clone peak C clone - 29077385 -133

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	29077390	-138
TSS clone peak	`C`	clone	-	29077385	-133

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 29093582 AT1G77420.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	29093582	AT1G77420.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 29093620 AT1G77420.1

TSS clone G clone + 29093621 AT1G77420.1

TSS clone peak A clone - 29093264 AT1G77410.1

TSS clone peak T clone - 29093263 AT1G77410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	29093620	AT1G77420.1
TSS clone	`G`	clone	+	29093621	AT1G77420.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	29093264	AT1G77410.1
TSS clone peak	`T`	clone	-	29093263	AT1G77410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTCC + 29093602 29093612 AT1G77420.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTCC`	+	29093602	29093612	AT1G77420.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATCCGGTTTAT + 29093290 29093300 AT1G77420.1

AtREG561 ATCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598    CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAAAAGCCCAATAG + 29093332 29093345 AT1G77420.1

AtREG549 TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624       CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAAGCCCAATAA + 29093359 29093372 AT1G77420.1

AtREG549 TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417       CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGGCCCATCA + 29093376 29093387 AT1G77420.1

AtREG587 TGAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403    GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG635     GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCGGTTTT + 29093438 29093447 AT1G77420.1

AtREG561 ATCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542   CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGGTTATAAATGGG + 29093450 29093464 AT1G77420.1

AtREG548 CCGGTTAT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG443        TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCGGGTCA + 29093475 29093483 AT1G77420.1

AtREG597 TTCGGGTC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG617 TCGGGTCA PPDB Motif PLACE Motif