PlantPromoterDB promoter information of AT1G77600.1

Summary of Gene (AT1G77600.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G77600 TAIR NCBI
Gene model	AT1G77600.1
Description	binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HEAT (InterPro:IPR000357), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: binding (TAIR:AT5G47690.3); Has 420 Blast hits to 371 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 153; Fungi - 83; Plants - 153; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 29 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29163156-29161957)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G77600.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G77600.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 29162381 -225

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	29162381	-225

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTTGGGCCTGTAGGCCCATATA - 29162472 29162494 -316 -338

AtREG607 AGTTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG449 GTTGGGCC               PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG433     GGGCCTGT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG435           GTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358            TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354             AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364              GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432               GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620                CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTA - 29162504 29162511 -348 -355

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAACCGACGACGT - 29162556 29162570 -400 -414

AtREG598 ATAAACCG        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG526        GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CCGTCAGA - 29162589 29162596 -433 -440

AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAACCGGT - 29162598 29162607 -442 -451

AtREG598 ATAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCAAAACG - 29162644 29162651 -488 -495

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTTGGGCCTGTAGGCCCATATA`		-	29162472	29162494	-316	-338
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG433	`GGGCCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG435	`GTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTA`		-	29162504	29162511	-348	-355
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAACCGACGACGT`		-	29162556	29162570	-400	-414
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CCGTCAGA`		-	29162589	29162596	-433	-440
	AtREG622	`CCGTCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAACCGGT`		-	29162598	29162607	-442	-451
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCAAAACG`		-	29162644	29162651	-488	-495
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None