version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G77820.1

Summary of Gene (AT1G77820.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G77820  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G77820.1  
Description pseudogene, endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein, contains similarity to reverse transcriptase GI:976278 from (Arabidopsis thaliana); contains Pfam profile PF03372: Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family; blastp match of 39% identity and 1.1e-20 P-value to GP|10140689|gb|AAG13524.1|AC068924_29|AC068924 putative non-LTR retroelement reverse transcriptase {Oryza sativa (japonica cultivar-group)}  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29262663-29263862)

Genome position     
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G77820.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT1G77810.1         
AT1G77810.2         
AT1G77815.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G77820.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-29263094AT1G77810.1, AT1G77810.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-29263112AT1G77810.1, AT1G77810.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTC-2926306529263072AT1G77810.1, AT1G77810.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGTCAA-2926315929263166AT1G77810.1, AT1G77810.2
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGATGACGTGGCAT-2926319429263205AT1G77810.1, AT1G77810.2
 AtREG483ATGACGTG     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419 TGACGTGG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG388  GACGTGGC   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG448    CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGCCCATTAA-2926323229263239AT1G77810.1, AT1G77810.2
 AtREG396CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.