PlantPromoterDB promoter information of AT1G78680

Summary of Gene (AT1G78680)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G78680 TAIR NCBI
Gene model	AT1G78680
Description	The Arabidopsis protein AtGGH2 is a gamma-glutamyl hydrolase acting specifically on monoglutamates. The enzyme is involved in the tetrahydrofolate metabolism and located to the vacuole.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29598433-29599632)

`Genome position from initiation codon` `AT1G78690.1 AT1G78700.1 TSS from cDNA TSS information AT1G78680 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G78680

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 20 + 29593866 -67

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	20	+	29593866	-67

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 29593865 -68

TSS clone A clone + 29593866 -67

TSS clone A clone + 29593867 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	29593865	-68
TSS clone	`A`	clone	+	29593866	-67
TSS clone	`A`	clone	+	29593867	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCCTCC + 29593884 29593892 -49 -41

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCCTCC`	+	29593884	29593892	-49	-41
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCCCT + 29593700 29593710 -233 -223

AtREG418 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400    TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTCGTTTT + 29593744 29593751 -189 -182

AtREG520 GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCACGTGTAC + 29593794 29593804 -139 -129

AtREG544 ACCACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG382 CCACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453   CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG562    ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCCCT`		+	29593700	29593710	-233	-223
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GTCGTTTT`		+	29593744	29593751	-189	-182
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCACGTGTAC`		+	29593794	29593804	-139	-129
	AtREG544	`ACCACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG453	`CACGTGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG562	`ACGTGTAC`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 29599313 AT1G78700.1

TSS peak A 2 + 29599580 AT1G78700.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	29599313	AT1G78700.1
TSS peak	`A`	2	+	29599580	AT1G78700.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 29599349 AT1G78700.1

TSS clone A clone + 29599356 AT1G78700.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	29599349	AT1G78700.1
TSS clone	`A`	clone	+	29599356	AT1G78700.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TATAAAGG + 29599270 29599277 AT1G78700.1

Y Patch CTCCTCTTCTCT + 29599329 29599340 AT1G78700.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TATAAAGG`	+	29599270	29599277	AT1G78700.1
Y Patch	`CTCCTCTTCTCT`	+	29599329	29599340	AT1G78700.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGGCAT + 29599071 29599078 AT1G78700.1

AtREG448 CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG AGGGGTAA + 29599102 29599109 AT1G78700.1

AtREG642 AGGGGTAA PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG CACGTGGT + 29599123 29599130 AT1G78700.1

AtREG544 CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCCACGTG + 29599195 29599202 AT1G78700.1

AtREG464 CCCACGTG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG GTGGCAAT + 29599235 29599242 AT1G78700.1

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GGGTCAAA + 29599255 29599262 AT1G78700.1

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG ATAACCGGAAA + 29599417 29599427 AT1G78700.1

AtREG548 ATAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621 TAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif