version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G78690.1

Summary of Gene (AT1G78690.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G78690  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G78690.1  
Description phospholipid/glycerol acyltransferase family protein; FUNCTIONS IN: acyltransferase activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipid/glycerol acyltransferase (InterPro:IPR002123), Tafazzin (InterPro:IPR000872); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipid/glycerol acyltransferase family protein (TAIR:AT3G05510.2); Has 677 Blast hits to 667 proteins in 233 species: Archae - 0; Bacteria - 232; Metazoa - 222; Fungi - 86; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 95 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29598902-29600101)

Genome position     
from initiation codon
AT1G78700.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G78690.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G78690.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+29596609-393

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+29599313AT1G78700.1
TSS peakA2+29599580AT1G78700.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+29599349AT1G78700.1
TSS cloneAclone+29599356AT1G78700.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTATAAAGG+2959927029599277AT1G78700.1
Y PatchCTCCTCTTCTCT+2959932929599340AT1G78700.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGTGGCAT+2959907129599078AT1G78700.1
 AtREG448CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGAGGGGTAA+2959910229599109AT1G78700.1
 AtREG642AGGGGTAA PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 
REGCACGTGGT+2959912329599130AT1G78700.1
 AtREG544CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGCCCACGTG+2959919529599202AT1G78700.1
 AtREG464CCCACGTGABA, Auxin, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGGTGGCAAT+2959923529599242AT1G78700.1
 AtREG654GTGGCAAT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGGGGTCAAA+2959925529599262AT1G78700.1
 AtREG592GGGTCAAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 
REGATAACCGGAAA+2959941729599427AT1G78700.1
 AtREG548ATAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG621 TAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG534  AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644   ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.