PlantPromoterDB promoter information of AT1G78690.1

Summary of Gene (AT1G78690.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G78690 TAIR NCBI
Gene model	AT1G78690.1
Description	phospholipid/glycerol acyltransferase family protein; FUNCTIONS IN: acyltransferase activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipid/glycerol acyltransferase (InterPro:IPR002123), Tafazzin (InterPro:IPR000872); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipid/glycerol acyltransferase family protein (TAIR:AT3G05510.2); Has 677 Blast hits to 667 proteins in 233 species: Archae - 0; Bacteria - 232; Metazoa - 222; Fungi - 86; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 95 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29599152-29600351)

`Genome position from initiation codon` `AT1G78700.1 TSS from cDNA TSS information AT1G78690.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G78690.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 29596609 -393

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	29596609	-393

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 29599313 AT1G78700.1

TSS peak A 2 + 29599580 AT1G78700.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	29599313	AT1G78700.1
TSS peak	`A`	2	+	29599580	AT1G78700.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 29599349 AT1G78700.1

TSS clone A clone + 29599356 AT1G78700.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	29599349	AT1G78700.1
TSS clone	`A`	clone	+	29599356	AT1G78700.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TATAAAGG + 29599270 29599277 AT1G78700.1

Y Patch CTCCTCTTCTCT + 29599329 29599340 AT1G78700.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TATAAAGG`	+	29599270	29599277	AT1G78700.1
Y Patch	`CTCCTCTTCTCT`	+	29599329	29599340	AT1G78700.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCACGTG + 29599195 29599202 AT1G78700.1

AtREG464 CCCACGTG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG GTGGCAAT + 29599235 29599242 AT1G78700.1

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GGGTCAAA + 29599255 29599262 AT1G78700.1

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG ATAACCGGAAA + 29599417 29599427 AT1G78700.1

AtREG548 ATAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621 TAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif