PlantPromoterDB promoter information of AT1G78800.1

Summary of Gene (AT1G78800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G78800 TAIR NCBI
Gene model	AT1G78800.1
Description	glycosyl transferase family 1 protein; FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, group 1 (InterPro:IPR001296); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SUS5; UDP-glycosyltransferase/ sucrose synthase (TAIR:AT5G37180.1); Has 9928 Blast hits to 9895 proteins in 1204 species: Archae - 399; Bacteria - 5805; Metazoa - 243; Fungi - 183; Plants - 319; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2979 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29628941-29627742)

`Genome position from initiation codon` `AT1G78810.1 AT1G78810.2 TSS from cDNA TSS information AT1G78800.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G78800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 29627985 -44

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	29627985	-44

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 29627969 -28

TSS clone A clone - 29627968 -27

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	29627969	-28
TSS clone	`A`	clone	-	29627968	-27

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTGGGCCTTG - 29628072 29628082 -131 -141

AtREG612 TGTGGGCC    DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG398    GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TCTGGGCCGAA - 29628087 29628097 -146 -156

AtREG397 TCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393   TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427    GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGTTGGGCT - 29628099 29628107 -158 -166

AtREG543 TGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTGGGCCTTG`		-	29628072	29628082	-131	-141
	AtREG612	`TGTGGGCC`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG398	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TCTGGGCCGAA`		-	29628087	29628097	-146	-156
	AtREG397	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TGTTGGGCT`		-	29628099	29628107	-158	-166
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None