PlantPromoterDB promoter information of AT1G79650.3

Summary of Gene (AT1G79650.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G79650 TAIR NCBI
Gene model	AT1G79650.3
Description	putative DNA repair protein RAD23

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29976132-29974933)

`Genome position from initiation codon` `AT1G79650.1 AT1G79650.2 TSS from cDNA TSS information AT1G79650.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G79660.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G79650.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 29975271 -139

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	29975271	-139

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 29975269 -137

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	29975269	-137

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTCACGTGGAT - 29975329 29975340 -197 -208

AtREG606 TGTCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG583 GTCACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG408    CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG547     ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TGGGCCGAA - 29975354 29975362 -222 -230

AtREG393 TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG427 GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGGCCTTACTGGGCTATT - 29975398 29975415 -266 -283

AtREG351 GGGCCTTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG530 GGCCTTAC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG434       TACTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG584           GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCACTA - 29975421 29975429 -289 -297

AtREG510 AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532 GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTCACGTGGAT`		-	29975329	29975340	-197	-208
	AtREG606	`TGTCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG583	`GTCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG547	`ACGTGGAT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TGGGCCGAA`		-	29975354	29975362	-222	-230
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG427	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GGGCCTTACTGGGCTATT`		-	29975398	29975415	-266	-283
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG530	`GGCCTTAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG434	`TACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACTA`		-	29975421	29975429	-289	-297
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 29975660 AT1G79660.1

TSS peak C 5 + 29975754 AT1G79660.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	29975660	AT1G79660.1
TSS peak	`C`	5	+	29975754	AT1G79660.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 29975701 AT1G79660.1

TSS clone A clone + 29975863 AT1G79660.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	29975701	AT1G79660.1
TSS clone	`A`	clone	+	29975863	AT1G79660.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAAAA + 29975629 29975638 AT1G79660.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAAAA`	+	29975629	29975638	AT1G79660.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AATAGCCCAGTAAGGCCC + 29975398 29975415 AT1G79660.1

AtREG584 AATAGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG434     GCCCAGTA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG530          GTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351           TAAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAGTGGGCT + 29975421 29975429 AT1G79660.1

AtREG532 TAGTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG510 AGTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAAAAGCC + 29975590 29975597 AT1G79660.1

AtREG549 TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif