version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G79870.1

Summary of Gene (AT1G79870.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G79870  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G79870.1  
Description oxidoreductase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region (InterPro:IPR006139), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006140), NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oxidoreductase family protein (TAIR:AT1G12550.1); Has 19936 Blast hits to 19933 proteins in 1515 species: Archae - 283; Bacteria - 9447; Metazoa - 662; Fungi - 752; Plants - 323; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 8464 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30043794-30044993)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G79870.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence













 
AT1G79860.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G79870.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA54+30044746-48

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+30044747-47
TSS cloneAclone+30044750-44
TSS cloneTclone+30044751-43
TSS cloneAclone+30044758-36

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGCCCATAA+3004464630044656-148-138
 AtREG445GTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGCCAC, GGGCC, TGGGCY 
 AtREG490 TGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364  GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394   GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATGGGCCCAAAAATAGGCCCATCT+3004467430044699-120-95
 AtREG394TTATGGGC                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391  ATGGGCCC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422   TGGGCCCA                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392    GGGCCCAA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373     GGCCCAAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG529      GCCCAAAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG424             AATAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362              ATAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358               TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354                AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG403                 GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG572                  GCCCATCT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.