PlantPromoterDB promoter information of AT1G80080

Summary of Gene (AT1G80080)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G80080 TAIR NCBI
Gene model	AT1G80080
Description	Encodes a transmembrane leucine-repeat containing receptor-like protein that is expressed in proliferative postprotodermal cells. Recessive mutation leads to disruption of asymmetric cell division during stomata development.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30130563-30129364)

`Genome position from initiation codon` `AT1G80080.1 TSS from cDNA TSS information AT1G80080 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G80090.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G80080

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 30129591 -28

TSS peak A 5 - 30129589 -26

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	30129591	-28
TSS peak	`A`	5	-	30129589	-26

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 30129591 -28

TSS clone C clone - 30129590 -27

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	30129591	-28
TSS clone	`C`	clone	-	30129590	-27

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATACAC - 30129615 30129622 -52 -59

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATACAC`	-	30129615	30129622	-52	-59
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGACCCAC - 30129646 30129653 -83 -90

AtREG523 GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TAGGGCCCAACA - 30129778 30129789 -215 -226

AtREG387 TAGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG400 AGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449    GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543     GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG GTCGGGTC - 30129812 30129819 -249 -256

AtREG390 GTCGGGTC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG AAATGGGCTCAGCCCAAAT - 30129846 30129864 -283 -301

AtREG386 AAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485    TGGGCTCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609         TCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469           AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421            GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAATGGG - 30129866 30129873 -303 -310

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATAGCCCAACA - 30129879 30129890 -316 -327

AtREG584 AATAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574    AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG543     GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGACCCAC`		-	30129646	30129653	-83	-90
	AtREG523	`GGACCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TAGGGCCCAACA`		-	30129778	30129789	-215	-226
	AtREG387	`TAGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG400	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`GTCGGGTC`		-	30129812	30129819	-249	-256
	AtREG390	`GTCGGGTC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`AAATGGGCTCAGCCCAAAT`		-	30129846	30129864	-283	-301
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGG`		-	30129866	30129873	-303	-310
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATAGCCCAACA`		-	30129879	30129890	-316	-327
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None