version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G80280

Summary of Gene (AT1G80280)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G80280  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G80280  
Description hydrolase, alpha/beta fold family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alpha/beta hydrolase fold-1 (InterPro:IPR000073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: hydrolase, alpha/beta fold family protein (TAIR:AT1G15490.1); Has 5082 Blast hits to 5073 proteins in 749 species: Archae - 32; Bacteria - 3526; Metazoa - 248; Fungi - 43; Plants - 290; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 943 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30181141-30179942)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G80280                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G80260.1         
AT1G80270.1         
AT1G80270.2         
AT1G80270.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G80280

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-30186586-445

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2+30180961AT1G80270.1, AT1G80270.2, AT1G80270.3
TSS peakG2+30180984AT1G80270.1, AT1G80270.2, AT1G80270.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+30180974AT1G80270.1, AT1G80270.2, AT1G80270.3
TSS cloneGclone+30180988AT1G80270.1, AT1G80270.2, AT1G80270.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAGCCCATTTA+3018086330180875AT1G80270.1, AT1G80270.2, AT1G80270.3
 AtREG409AAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372   AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386    GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443     CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.