PlantPromoterDB promoter information of AT1G80670.1

Summary of Gene (AT1G80670.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G80670 TAIR NCBI
Gene model	AT1G80670.1
Description	This gene is predicted to encode a protein with a DWD motif. It can bind to DDB1a in Y2H assays, and may be involved in the formation of a CUL4-based E3 ubiquitin ligase

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30324543-30323344)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G80670.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G80680.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G80670.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 2 - 30323782 -239

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	2	-	30323782	-239

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 30323780 -237

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	30323780	-237

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAACATTGGGCCATAATAAGGCCCAAATATTAGGCCC - 30323847 30323888 -304 -345

AtREG632 AAAGTCAA                                   PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

AtREG461         CATTGGGC                           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352          ATTGGGCC                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420           TTGGGCCA                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437            TGGGCCAT                        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG479             GGGCCATA                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425                     ATAAGGCC               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351                      TAAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                       AAGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                        AGGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373                         GGCCCAAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421                          GCCCAAAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506                                  ATTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360                                   TTAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ACCCGACCCGAACCGA - 30323903 30323918 -360 -375

AtREG405 ACCCGACC         PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442 CCCGACCC        PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375   CCGACCCG       PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383    CGACCCGA      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG597     GACCCGAA     PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG456        CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575         CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAACATTGGGCCATAATAAGGCCCAAATATTAGGCCC`		-	30323847	30323888	-304	-345
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
	AtREG461	`CATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG479	`GGGCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ACCCGACCCGAACCGA`		-	30323903	30323918	-360	-375
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None