PlantPromoterDB promoter information of AT1G80750.1

Summary of Gene (AT1G80750.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G80750 TAIR NCBI
Gene model	AT1G80750.1
Description	60S ribosomal protein L7 (RPL7A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, transcription regulator activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L30, N-terminal (InterPro:IPR012988), Ribosomal protein L30p/L7e, N-terminal (InterPro:IPR000517), Ribosomal protein L7, eukaryotic (InterPro:IPR005998), Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain (InterPro:IPR016082); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L7 (RPL7D) (TAIR:AT3G13580.3); Has 856 Blast hits to 856 proteins in 248 species: Archae - 76; Bacteria - 0; Metazoa - 354; Fungi - 146; Plants - 114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 166 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30348052-30349251)

`Genome position from initiation codon` `AT1G80745.1 TSS from cDNA TSS information AT1G80750.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G80750.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 30348823 -229

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	30348823	-229

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 30348801 -251

TSS clone G clone + 30348823 -229

TSS clone T clone + 30348825 -227

TSS clone C clone + 30348827 -225

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	30348801	-251
TSS clone	`G`	clone	+	30348823	-229
TSS clone	`T`	clone	+	30348825	-227
TSS clone	`C`	clone	+	30348827	-225

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTAAGGCCTTACATAAGCCCATAAATATTGGGCTTTTTTAGCCCAATAG + 30348670 30348718 -382 -334

AtREG530 GTAAGGCCTTAC                                      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG462             ATAAGCCC                              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426              TAAGCCCA                             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378               AAGCCCAT                            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477                AGCCCATA                           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394                 GCCCATAA                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                         ATATTGGG                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG407                            TTGGGCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376                             TGGGCTTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409                              GGGCTTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589                               GGCTTTTT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG571                                      TTAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402                           ATTGGGCT     AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355                          TATTGGGC       GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624                                          CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGTAATTA + 30348740 30348747 -312 -305

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTAAGGCCTTACATAAGCCCATAAATATTGGGCTTTTTTAGCCCAATAG`		+	30348670	30348718	-382	-334
	AtREG530	`GTAAGGCCTTAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`ATTGGGCT AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`TATTGGGC GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGTAATTA`		+	30348740	30348747	-312	-305
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None