PlantPromoterDB promoter information of AT2G01090.1

Summary of Gene (AT2G01090.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G01090 TAIR NCBI
Gene model	AT2G01090.1
Description	ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.8 kDa protein, putative / mitochondrial hinge protein, putative; FUNCTIONS IN: ubiquinol-cytochrome-c reductase activity; INVOLVED IN: mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c; LOCATED IN: mitochondrial respiratory chain complex III; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge (InterPro:IPR003422); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.8 kDa protein, putative / mitochondrial hinge protein, putative (TAIR:AT1G15120.1); Has 95 Blast hits to 95 proteins in 41 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 12; Fungi - 2; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 79179-80378)

`Genome position from initiation codon` `AT2G01080.1 TSS from cDNA TSS information AT2G01090.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01090.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 80014 -165

TSS clone peak T clone + 80031 -148

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	80014	-165
TSS clone peak	`T`	clone	+	80031	-148

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCCTTC + 80046 80055 -133 -124

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCCTTC`	+	80046	80055	-133	-124
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCATGGGCTTG + 79887 79897 -292 -282

AtREG507 CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAACGGGC + 79912 79919 -267 -260

AtREG399 TAACGGGC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ACAGGCCCATAT + 79941 79952 -238 -227

AtREG433 ACAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAACGGCA + 79965 79972 -214 -207

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCATGGGCTTG`		+	79887	79897	-292	-282
	AtREG507	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TAACGGGC`		+	79912	79919	-267	-260
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`ACAGGCCCATAT`		+	79941	79952	-238	-227
	AtREG433	`ACAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAACGGCA`		+	79965	79972	-214	-207
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None