PlantPromoterDB promoter information of AT2G01120.1

Summary of Gene (AT2G01120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G01120 TAIR NCBI
Gene model	AT2G01120.1
Description	Origin Recognition Complex subunit 4. Involved in the initiation of DNA replication. Regulated transcriptionally during cell cycle, peaking at G1/S-phase. Target of E2F/DF family of transcription factors. Interacts with all ORC subunits except ORC1b.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 84444-85643)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G01120.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G01110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 85394 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	85394	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTAAA + 85231 85238 -213 -206

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TAAACGACGTCGTT + 85271 85284 -173 -160

AtREG565 TAAACGAC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    ACGACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTATTGGGCCTTTT + 85307 85320 -137 -124

AtREG417 TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459       GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAGGCCCATTA + 85329 85341 -115 -103

AtREG425 ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACGGCCCATA + 85343 85353 -101 -91

AtREG499 TACGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTAAA`		+	85231	85238	-213	-206
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TAAACGACGTCGTT`		+	85271	85284	-173	-160
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTATTGGGCCTTTT`		+	85307	85320	-137	-124
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAGGCCCATTA`		+	85329	85341	-115	-103
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TACGGCCCATA`		+	85343	85353	-101	-91
	AtREG499	`TACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 - 85193 AT2G01110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	-	85193	AT2G01110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 85208 AT2G01110.1

TSS clone T clone - 85207 AT2G01110.1

TSS clone A clone - 85196 AT2G01110.1

TSS clone T clone - 85188 AT2G01110.1

TSS clone G clone - 85169 AT2G01110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	85208	AT2G01110.1
TSS clone	`T`	clone	-	85207	AT2G01110.1
TSS clone	`A`	clone	-	85196	AT2G01110.1
TSS clone	`T`	clone	-	85188	AT2G01110.1
TSS clone	`G`	clone	-	85169	AT2G01110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTTCTCT - 85149 85158 AT2G01110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTTCTCT`	-	85149	85158	AT2G01110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACGACGTCGTTTA - 85271 85284 AT2G01110.1

AtREG493 AACGACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565       GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGGCCCAATAA - 85307 85320 AT2G01110.1

AtREG459 AAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417       CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATGGGCCTTAT - 85329 85341 AT2G01110.1

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425      GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TATGGGCCGTA - 85343 85353 AT2G01110.1

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368   TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499    GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC