version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G01140.1

Summary of Gene (AT2G01140.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G01140  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G01140.1  
Description fructose-bisphosphate aldolase, putative; FUNCTIONS IN: fructose-bisphosphate aldolase activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cadmium ion, pentose-phosphate shunt; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastoglobule; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Fructose-bisphosphate aldolase, class-I (InterPro:IPR000741); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fructose-bisphosphate aldolase, putative (TAIR:AT4G38970.1); Has 4200 Blast hits to 4196 proteins in 676 species: Archae - 0; Bacteria - 431; Metazoa - 1018; Fungi - 2; Plants - 339; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2410 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 97491-96292)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G01140.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01140.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG41-96649-158

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-96653-162
TSS cloneGclone-96652-161
TSS cloneTclone-96650-159
TSS cloneAclone-96589-98
TSS cloneAclone-96588-97
TSS cloneCclone-96585-94
TSS cloneCclone-96580-89
TSS cloneCclone-96577-86
TSS cloneAclone-96575-84
TSS cloneTclone-96558-67
TSS cloneTclone-96556-65

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTCATTT-9670096707-209-216
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGGCCCATTC-9691496924-423-433
 AtREG457CCGGCCCA   CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380 CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361  GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG643   GCCCATTC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCCCAACA-9694296949-451-458
 AtREG543GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.