PlantPromoterDB promoter information of AT2G01640.1

Summary of Gene (AT2G01640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G01640 TAIR NCBI
Gene model	AT2G01640.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 23 Blast hits to 23 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 18; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 282085-283284)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G01640.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G01630.1 AT2G01630.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 282954 -131

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	282954	-131

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 283005 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	283005	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GATATAAACA + 282919 282928 -166 -157

Y Patch CTCTCTTT + 282988 282995 -97 -90

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GATATAAACA`	+	282919	282928	-166	-157
Y Patch	`CTCTCTTT`	+	282988	282995	-97	-90
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCTTTAA + 282692 282699 -393 -386

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGTAATTA + 282828 282835 -257 -250

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTGGGCTCATAATGGG + 282865 282881 -220 -204

AtREG469 TTTGGGCT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 TTGGGCTC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485   TGGGCTCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG546          ATAATGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAGGCCCAAAC + 282901 282912 -184 -173

AtREG475 CTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474     GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCTTTAA`		+	282692	282699	-393	-386
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CGTAATTA`		+	282828	282835	-257	-250
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTGGGCTCATAATGGG`		+	282865	282881	-220	-204
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`TTGGGCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAGGCCCAAAC`		+	282901	282912	-184	-173
	AtREG475	`CTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 - 282123 AT2G01630.1, AT2G01630.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	-	282123	AT2G01630.1, AT2G01630.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATATATATT - 282149 282159 AT2G01630.1, AT2G01630.2

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATATATATT`	-	282149	282159	AT2G01630.1, AT2G01630.2
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CATTGGGC - 282383 282390 AT2G01630.1, AT2G01630.2

AtREG461 CATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif