PlantPromoterDB promoter information of AT2G01650.1

Summary of Gene (AT2G01650.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G01650 TAIR NCBI
Gene model	AT2G01650.1
Description	encodes a peripheral membrane protein that contains UBX domain and interacts with AtCDC48 in vitro and co-fractionates with membrane-associated but not soluble AtCDC48 in vivo.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 287394-286195)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G01650.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01650.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 286511 -117

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	286511	-117

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 286485 -91

TSS clone T clone - 286435 -41

TSS clone C clone - 286410 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	286485	-91
TSS clone	`T`	clone	-	286435	-41
TSS clone	`C`	clone	-	286410	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGGCCCAAAAGGCCCATTAA - 286583 286603 -189 -209

AtREG484 TTGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373   GGCCCAAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG459        AAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359         AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353          AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354           AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361            GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357             GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396              CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TTGGCCCAAAA - 286646 286656 -252 -262

AtREG484 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTA - 286696 286703 -302 -309

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTGGGCCAAT - 286750 286760 -356 -366

AtREG505 CTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TTGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484   TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446    GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAAGTCAA - 286802 286809 -408 -415

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGGCCCAAAAGGCCCATTAA`		-	286583	286603	-189	-209
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTGGCCCAAAA`		-	286646	286656	-252	-262
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTA`		-	286696	286703	-302	-309
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTGGGCCAAT`		-	286750	286760	-356	-366
	AtREG505	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAAGTCAA`		-	286802	286809	-408	-415
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None