PlantPromoterDB promoter information of AT2G01860.1

Summary of Gene (AT2G01860.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G01860 TAIR NCBI
Gene model	AT2G01860.1
Description	EMBRYO DEFECTIVE 975 (EMB975); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein (TAIR:AT2G38420.1); Has 2464 Blast hits to 1412 proteins in 42 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 8; Plants - 2414; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 42 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 387283-388482)

`Genome position from initiation codon` `AT2G01850.1 TSS from cDNA TSS information AT2G01860.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01860.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 388055 -228

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	388055	-228

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCT + 388022 388054 -261 -229

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCT`	+	388022	388054	-261	-229
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCGTTTTGA + 387829 387838 -454 -445

AtREG520 GTCGTTTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG653   CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTGCCACGTA + 387908 387917 -375 -366

AtREG452 TTGCCACG   PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CAATTGGGTCGGGTCA + 387973 387988 -310 -295

AtREG647 CAATTGGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG442      GGGTCGGG    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405       GGTCGGGT   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG390        GTCGGGTC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG617         TCGGGTCA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCGGGTCG + 387990 387998 -293 -285

AtREG597 TTCGGGTC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG383 TCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCGGGTCGG + 388004 388013 -279 -270

AtREG463 ACCGGGTC   PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

AtREG494 CCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG375   CGGGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCGTTTTGA`		+	387829	387838	-454	-445
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTGCCACGTA`		+	387908	387917	-375	-366
	AtREG452	`TTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`CAATTGGGTCGGGTCA`		+	387973	387988	-310	-295
	AtREG647	`CAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG442	`GGGTCGGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`GGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG390	`GTCGGGTC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG617	`TCGGGTCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCGGGTCG`		+	387990	387998	-293	-285
	AtREG597	`TTCGGGTC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG383	`TCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCGGGTCGG`		+	388004	388013	-279	-270
	AtREG463	`ACCGGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG494	`CCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG375	`CGGGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None