PlantPromoterDB promoter information of AT2G02500.1

Summary of Gene (AT2G02500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G02500 TAIR NCBI
Gene model	AT2G02500.1
Description	Encodes a protein with 4-Diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase activity. The enzyme has an absolute requirement for divalent cations (Mg2+ reaches the highest catalytic activity).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 674124-672925)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G02500.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G02510.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G02500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 673155 -31

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	673155	-31

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATATATATATT - 673174 673188 -50 -64

Y Patch CTTTCTTCTTCTCTC - 673139 673153 -15 -29

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATATATATATT`	-	673174	673188	-50	-64
Y Patch	`CTTTCTTCTTCTCTC`	-	673139	673153	-15	-29
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCTGATGGGCTTAT - 673202 673223 -78 -99

AtREG396 TTAATGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG635           TGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG378             ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426              TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462               GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCCTTATTAAAAGCCCATTAG - 673237 673263 -113 -139

AtREG394 TTATGGGC                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425      GGCCTTAT               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG549              TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409               AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                 AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                  AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357                   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558                    CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCTGATGGGCTTAT`		-	673202	673223	-78	-99
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG635	`TGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCCTTATTAAAAGCCCATTAG`		-	673237	673263	-113	-139
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 + 673333 AT2G02510.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	+	673333	AT2G02510.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 673305 AT2G02510.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	673305	AT2G02510.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGACTTT + 673054 673061 AT2G02510.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TCCGGTTC + 673155 673162 AT2G02510.1

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATAAGGCC + 673183 673190 AT2G02510.1

AtREG425 ATAAGGCC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATAAGCCCATCAGGCCCATTAA + 673202 673223 AT2G02510.1

AtREG462 ATAAGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635     GCCCATCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG374          TCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370           CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354            AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361             GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357              GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396               CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG CTAATGGGCTTTTAATAAGGCCCATAA + 673237 673263 AT2G02510.1

AtREG558 CTAATGGG                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409      GGGCTTTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549       GGCTTTTA              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425               ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351                TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                  AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364                   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394                    GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif